인류학자 케일(Dr. Steven Cale: 에릭 스톨츠 분)은 다큐멘터리 영화 연출팀과 함께 신비의 부족으로 알려진 아마존의 쉬리샤마 족을 찾아 나선다. 케일의 연인이자 다큐필림 연출가인 테리(Terri Flores: 제니퍼 로페즈 분)와 촬영기사 대니(Danny Rich: 아이스 쿠브 분), 음향기사 게리(Gary Dixon: 오웬 윌슨 분) 그리고 리포터인 웨스트리지(Warren Westridge: 조나단 하이드 분)도 같은 배에 동승하고 있다. 안개(Mist) 부족으로 통하는 쉬리샤마족은 아나콘다라는 거대한 뱀을 위협적인 존재이자 신의 파수꾼으로 신봉하는 부족이다. 이들을 찾아 아마존으로 항해하던 케일 일행은 폭우가 쏟아지던날 밤 난파 된 보트에서 구조를 요청하는 샤론(Paul Sarone: 존 보이트 분)을 만나게 된다.
 아마존 오지의 지리는 물론 쉬리샤마 부족에 대하여 잘 알고 있는 샤론은 자신을 살려준 대가로 이들의 가이드를 자청한다. 이때부터 이들에겐 의문의 사고가 발생하기 시작한다. 케일이 잠수 도중 장수말벌을 삼켜 질식사 할 뻔하다가 샤론의 응급조치로 구사일생으로 살아나고 선장이었던 마테오(Mateo: 빈센트 캐스텔라노스 분)는 종적도 없이 사라져 버린다. 과연 샤론의 정체는 무엇일까? 그는 전문 밀렵꾼이며 뱀 수집가로 100만 달러이상의 돈벌이가 되는 아나콘다를 찾아 이들과 합류했던 것이다. 그러나 샤론의 음모와 정체를 알게 되었을 때 그들은 이미 아나콘다의 근거지에 들어선 상태였다. 거대한 아나콘다의 위협이 서서히 다가오는 가운데 샤론은 게리의 동조로 배의 실권을 쥐게 되고, 아나콘다를 생포하려는 샤론에 의해 게리와 그의 연인인 데니스(Denise Kalber: 카리 살린 분)는 아나콘다의 희생양이 되고 만다. 아나콘다의 끔직스런 육식현장을 목격하게 된 테리는 엽총으로 아나콘다를 사살하지만 이들은 이 아나콘다보다 더 잔인스럽고 음흉한 샤론과 위협적이고 사나운 수컷 아나콘다와 또다시 마주하게 되는데.